Não cabe a mim dizer se é bom ou ruim para o SEO do site ter links nofollow (o Google dá a entender que é ruim). O fato é que às vezes a gente quer ou precisa aplicar automaticamente o "nofollow" em todos os posts já publicados e que venhamos a publicar.

Basta adicionar o código abaixo no functions.php e limpar o cache para automaticamente todos os links externos estarem do jeito que a gente quer (caso, reitero, o que desejemos sejam links "nofollow").

add_filter('the_content', 'my_nofollow');  
add_filter('the_excerpt', 'my_nofollow');  
function my_nofollow($content) {  
    return preg_replace_callback('/<a[^>]+/', 'my_nofollow_callback', $content);
}
function my_nofollow_callback($matches) {  
    $link = $matches[0];
    $site_link = get_bloginfo('url');
    if (strpos($link, 'rel') === false) {
        $link = preg_replace("%(href=\S(?!$site_link))%i", 'rel="nofollow" $1', $link);
    } elseif (preg_match("%href=\S(?!$site_link)%i", $link)) {
        $link = preg_replace('/rel=\S(?!nofollow)\S*/i', 'rel="nofollow"', $link);
    }
    return $link;
}

Como de costume, não posso dar suporte nem garantias. Mas eu uso nos meus WPs e estou bem feliz. Seja cuidadoso e as chances de você não ter problemas são altas.